战疫情,强化分析功能的“2019-nCoV基因组数据分析综合平台”第二期上线

抗击疫情我们在行动

疫情猛于虎,疫情就是命令,时间就是生命,随着全国抗击新型冠状病毒肺炎的战役打响,百迈客研发人员自疫情爆发以来,主动放弃休息,默默工作,日夜奋战,争分夺秒,尽全力开发病毒分析平台,为全国一线疫情防控提供强有力的技术支持。

2020年1月27日,百迈客首版“新型冠状病毒基因组数据分析综合平台”免费向科研人员开放,上线后,来自全国18个高校和研究单位的访问量己达到2042次。其中包含同济大学医学院、哈尔滨医科大学、华中农业大学、武汉大学、包头医学院等等,不少专家学者对百迈客所做的努力给以了肯定,也提出了非常多的改进意见与使用需求。
六合人家 近一周来,通过研发人员加班加点的不懈努力,于2020年2月3日正式上线第二期“新型冠状病毒(nCoV)基因组数据分析综合平台”。本期相较于第一期,平台在多个方面完成优化,以更好的提高对病毒数据的深入解读:

01、不断丰富病毒数据库:

研发人员不断跟进,并实时更新毒株测序信息。目前,病毒数据库中部署的病毒毒株的基因组信息已增加至37个,具体包括:
1、来源于GISAID的26例新型冠状病毒的基因组序列信息;
2、来源于NCBI的MN938384、MN908947、MN975262等3个毒株的序列信息;
3. 来源于NCBI的SARS毒株(AY274119.3)的序列信息和MERS毒株(KC164505.2、JX869059.2)等3个毒株序列信息;
4. 来源于NGDC的GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000等5个毒株的序列信息;
六合人家 其中MN938384、MN908947、MN975262、GWHABKF00000000、GWHABKG00000000、 GWHABKH00000000、GWHABKI00000000、GWHABKJ00000000 毒株具有全套的基因组注释信息,用户可以通过Browse的Gene Search模块根据特定基因ID、或者特定基因组位置完成特定毒株中基因信息序列 及 基因结构的检索。

02、增加更多自动化分析工具

平台第一期已完成Blast(序列比对)、Gbrowse(基因组浏览器)、Primer Design(引物设计)、MEGA(进化树,了解毒株的进化起源)、Muscle(全局多序列比对)、MCMCTREE(分化时间估算)、MultipleCompare(蛋白多序列比对)等工具的部署。
六合人家 第二期在继续修复、优化第一期工具的同时,又增加了bowtie2(将短序列比对至大基因组的工具)、bwa(短序列比对)等工具。其中,bowtie2具有速度快、节省内存,比对算法相对严格等特点,科研人员可用此工具实现快速比对,尤其是测序毒株与参考基因组毒株的差异性比较小时,一般选择此工具。bwa比对算法相对宽松,科研人员可用此工具快速的将相对较小的片段比对到参考序列上,尤其是当测序毒株与参考基因组毒株的差异性比较大时,一般可选择此工具。

03、更好实现了数据库与工具的组合使用

科研人员可使用平台数据库,通过工具模块完成一定的数据挖掘、分析。如通过我们部署的MEGA工具,即可以便捷使用数据库中已部署的37个毒株的参考基因组序列,而且用户可结合自己存储的私有毒株基因组序列,构建病毒毒株的进化树,了解新型冠状病毒的进化树起源。
我们将持续跟进、并更新平台数据库,在为国内外科研工作者提供方便快捷的数据检索及下载服务的同时,在随后的三期、四期研究计划中,我们会继续部署更多的自动化分析工具,分析保守域、毒株间的变异信息,寻找毒株间的共性的突变信息,为病毒致病机理的研究、疫苗的开发等提供技术支持。
备注:针对Muscle、MCMCTREE、MultipleCompare工具,为了提高更大的分析资源,请登录百迈客云平台进行分析(http://international.biocloud.net/zh/user/login),我们已经为您申请了工具的账号:2019ncov@sxbiuq.com 密码: 123.bmk,请登录云平台进行使用。

04、综合数据平台的后期规划

1、数据库中将不断实时更新、增添新测序冠状病毒毒株的基因组序列;
2、继续部署更多款方便快捷的自动化分析工具,为科研提供重要的数据支撑。如,后期我们会部署“病毒基因组的组装”、“毒株全序列之间的SNP/INDEL”、“测序数据与ref寻找SNP/INDEL”等等多个工具模块,用于了解冠状病毒的来源,了解病毒毒株变异的路径,从而为后期防控冠状病毒引起的疫情,和治疗新型冠状病毒肺炎提供重要的数据支撑。
3、病毒数据库第二期中会时时更新“新型冠状病毒”的研究相关的文献,便于用户了解目前新型冠状病毒的研究进展。
4、同步整合“腾讯医典”,和 “腾讯健康”中的新型冠状病毒的科普知识,帮助用户了解疫情的发展状况及预防防治等相关内容。为用户掌握科研进展、了解新闻动态与科学知识提供资源与窗口。
总之:我们将不断整合最新的病毒毒株序列信息,致力于打造成一个数据最全面、分析功能最强大的病毒综合性数据库平台。

24小时对接联系人

1、数据库使用&数据分析对接人:

负责人:王老师
手机:18514282648(同微信)
邮箱:wangf@sxbiuq.com

2、样品准备&测序对接人:
负责人:康老师
手机:16622926288(同微信)
邮箱:kangjm@sxbiuq.com

2018年熬过猪价低迷寒冬,2019年躲过非洲猪瘟的肆虐,18-19年都扛过来了,2020年的春天还远吗?不造谣、不信谣、不传谣,共建和谐清朗的网络空间,相信在政府的有序组织下,人民群众万众一心定能有效抗击疫情,还2020年一个春暖花开的一年开端。

 

相关阅读:

战疫情,首版“新型冠状病毒基因组数据分析综合平台”免费向科研人员开放

 

最近文章